これから入れるアプリもあると思いますが、割りと重要度が高いものを載せておきます。
google日本語入力 - google製、日本語入力
google chrome - 説明不要の定番ブラウザ
mozilla Firefox - 定番ブラウザ。豊富なアドオンが頼もしい
The Unarchiver - ファイル解凍ツール
WinArchiver Lite - zip圧縮アプリ。winユーザへデータを渡す際には必須
memory diag - メモリ解放アプリ。動作が軽快
Memory Magic - メモリ解放アプリ。自動開放がありがたい
Any Send - win-mac-mobile間で使えるファイルトランスポーターアプリ
VOX - オーディオプレイヤー
Display Menu - ツールバー常駐、解像度変更アプリ。Retinaディスプレイにありがたい
Blackmagic Disk Speed Test - 記録メディアスピード計測アプリ
TotalFinder - タブ型ファイラー
CotEditor - 定番テキストエディタ
Autodesk SketchBook Copic Edition - 機能が限定していて使いやすいです
iMediaHUD - ファイル情報表示アプリ
Shupapan - リネームアプリ。yosemiteからは標準のリネームでも簡単にできそうですね
blender - フリー3Dソフト。その気になればなんでもできる..はず。。
VLC - 最強のムービープレイヤー。BDも再生できるらしい..
MPlayerX - ムービープレイヤー
Th-MakerX - リサイズアプリ。ドロップアクションでまとめてサイズ変更できるので便利
Cyberduck - 定番FTPアプリ。いつものアヒル
TeamViewer - 画面共有用。最近だとchromeでいけるかもですね。
ClamXav - mac定番アンチウイルスソフト。appstore版より公式版のがおすすめ
Sophos Anti-Virus for Mac - アンチウイルスソフト。特定フォルダの定時検索に使用中
Thunderbird - 定番メーラー。メールのローカルバックアップ用
iStat Nano - cpu使用率や内部温度をチェックできるウィジェット。古いアプリですが使えます。
Display Menuはツールバーから解像度変更が簡単にでき、ちょっとした作業領域の変更にとても便利で、Retinaディスプレイ向きのアプリですね。
以前はたくさんのフリーソフトをいれて動かしていましたが、あまり使わないものはだいぶ絞れてきた気がします。